Statistik Austria erhält und verarbeitet vollständig pseudonymisierte Datenbestände (§ 6 Abs. 2 Registerzählungsgesetz) unterschiedlicher registerführender Stellen. Die Registerverknüpfung kann dank des e-Government-Gesetzes unter absoluter Wahrung des Datenschutzes durchgeführt werden. Dies geschieht mit Hilfe des bereichsspezifischen Personenkennzeichens Amtliche Statistik (bPK AS), das von der Stammzahlenregisterbehörde generiert wird und keinerlei Rückschlüsse auf die Person ermöglicht. Die Datenverknüpfung erfolgt daher ohne Namen unter Verwendung des Pseudonyms bPK AS.
Nicht nur bei der Datenverarbeitung, auch bei der Veröffentlichung der Ergebnisse wird viel Augenmerk auf den Datenschutz gelegt. Auf Personenebene gibt es mitunter sehr seltene Merkmalskombinationen, die eine Rückführbarkeit zu einzelnen Personen ermöglichen könnten. Um dies zu verhindern, werden die Ergebnisse mit der Methode „Record Swapping“ verschmutzt, damit Einzelpersonen nicht identifiziert werden können.